Organami władz Parafii są:

• Zgromadzenie Parafialne
• Rada Parafialna
• Proboszcz

Najwyższą władzą parafialną jest Zgromadzenie Parafialne. W jego skład wchodzą członkowie Parafii, posiadający czynne prawo wyborcze i wpisani na listę wyborców, prowadzoną przez Radę Parafialną.

Parafią zarządza Rada Parafialna, wybrana przez Zgromadzenie Parafialne i zatwierdzona przez Radę Diecezjalną. W skład Rady Parafialnej wchodzą:

• 9 parafian wybranych przez Zgromadzenie Parafialne,
• proboszcz i inni etatowi duchowni parafii,
• przedstawiciel zatrudnionych w parafii katechetek i katechetów.

Kadencja Rady Parafialnej i innych wybieranych, kolegialnych władz parafialnych trwa pięć lat. W Parafii funkcjonuje również Komitet Parafialny, który wprawdzie nie jest organem władzy, ale pełni ważną funkcję łącznika między Zgromadzeniem Parafialnym a Radą Parafialną.

21 maja 2017 r. odbyły się w Parafii Ewangelicko-Augsburskiej Świętej Trójcy w Warszawie wybory do Rady Parafialnej, Parafialnej Komisji Rewizyjnej oraz Komitetu Parafialnego. W niedzielę 25 czerwca 2017 r. zwierzchnik Diecezji Warszawskiej ks. bp Jan Cieślar dokonał uroczystego wprowadzenia w urząd Rady Parafialnej.